El Museo de Almería, que recoge la herencia del Museo Arqueológico Provincial, abrió su nueva sede en marzo de 2005. Incorpora un nuevo concepto museístico, más dinámico e interactivo. Es un referente internacional en el conocimiento de las dos culturas históricas que distinguen a la provincia y al Sureste español: el Argar y los Millares, con el valor añadido de poder disponer a tan sólo media hora del museo del yacimiento de los Millares. La exposición permanente la componen 904 piezas, de los más de 80.000 registros que forman los fondos del museo.
El museo está planteado como un viaje a través de la arqueología. Desde el vestíbulo, un conjunto de láminas flotantes con motivos y dibujos arqueológicos de Luis Siret reciben al visitante. Es la denominada nube de Siret, en homenaje al padre de la arqueología provincial. A la izquierda, una columna de 13 metros de altura indica los tipos de estratos que se han sucedido en los últimos 50.000 años de la historia de la Humanidad, apoyada en un montaje alegórico audiovisual con pantallas de plasma que evocan desde los orígenes a la conquista del espacio. En esta planta también se encuentra la sala de exposiciones temporales. El recorrido del museo arranca con una reproducción de una cata arqueológica y la importancia de Luis Siret en la arqueología, que sirve para introducir geográfica y científicamente al medio y al método arqueológico.
La primera planta recoge la historia de la investigación de los Millares, manifestaciones materiales y espirituales del Neolítico en Almería, apoyado con reproducciones de las pinturas levantinas de los Vélez, dispersas por los muros, y lo que supuso el arte esquemático en este periodo. Otro espacio muestra cómo era la sociedad de los Millares, su organización territorial, forma de vida, costumbres y religión, y especialmente su relación con la muerte, con la reproducción de un sepulcro de corredor característico. Entre las piezas expuestas destacan cuencos y vasijas de Terrera Ventura y Los Millares, fuente con improntas de esparto de Almizaraque, vasijas de almacenamiento de El Chuche y los Millares o el hacha enmangada de Blanquizares de Lébor, en Totana.
La segunda planta muestra la cultura del Argar: la historia de la investigación de esta cultura, datada hacia el 1500 antes de nuestra era(ane), y sus manifestaciones culturales, espirituales y materiales. Podemos ver molinos alargados y estrechos para el cereal, tumbas infantiles del 1750-1550 (ane), los enterramientos individuales en cistas o en grandes vasijas, ajuares funerarios, copas, vasijas bicónicas, tulipas, ollas y cuencos característicos. Aparece el metal y aparecen signos de contacto con otros pueblos del Mediterráneo (collares y adornos) llegados por mar.
La tercera planta estará dedicada durante un largo periodo de dos o tres años a mostrar la herencia romana y musulmana en la provincia. El espacio dedicado a Roma está presidido por el Baco de la segunda mitad del siglo II, colocado sobre el mosaico policromado del siglo III, del yacimiento romano El Villar de Chirivel, y el recién recuperado estuco del nacimiento de Baco, hallados el pasado año en el yacimiento de Baria, en Villaricos. Del islam destacan las decoraciones epigráficas en madera de la antigua mezquita de Almería, una inscripción de la fundación de Al-Mariyya y varias lápidas funerarias.
Con el objeto de difundir el resto de fondos que no se exponen de forma permanente se ha dispuesto en la tercera planta un espacio en el que, de forma rotatoria y con carácter semipermanente, se exhibirán con los mismos criterios didácticos y divulgativos una selección de los mismos. En esta misma planta se halla el taller de restauración, verdadero corazón del museo, donde se realizan los diagnósticos y se aplican los tratamientos de conservación y restauración de los materiales. Cuenta también con una sala de exposiciones temporales de más de 300 metros cuadrados en la planta baja para acoger tanto producciones propias como de otros organismos o instituciones.
El recinto tiene una supeficie de 6.284 metros cuadrados. La exposición permanente ocupa 1.260. A lo largo de este espacio hay 15 pantallas táctiles con información interactiva, cuatro proyecciones audiovisulaes que apoyan el discurso de la exposición permanente y 10 pantallas de plasma en la columna estratigráfica. El antecedente del museo se remonta a 1933 con los fondos iniciales de la Excelentísima Diputación y la Comisión Provincial de Monumentos, que estuvo en la calle Javier Sanz. El título del Museo fue completado con el nombre del arqueólogo Luis Siret. En 1979 fue transferido al Ministerio de Cultura, que adaptó el antiguo Colegio Menor Santa María del Mar como nueva sede en 1981. Se cerró en 1991 por problemas estructurales y en 2008 fue galardonado con una mención de honor en los premios 2008 al mejor Museo Europeo del Año.